Prie senojo kelio Šilokarčema –Tilžė, netoli padavimais apgaubto Alkos kalno, išsidėstęs Juknaičių kaimas. Jis pirmąkart paminėtas 1540 metais duoklių mokėtojų sąraše  Jugnaten pavadinimu. J. Sembritzkis knygoje „Šilutės apskrities istorija“ nurodo, kad šiame kaime pirmoji mokykla buvo atidaryta 1761 metais.

1792 metais juknaitiškių ir aplinkinių sodžių vaikus mokė vokietis Michael Schorning. Ši bažnytinė mokykla buvo vienklasė ir veikė privačiame name. Pamokos vykdavo priešpiet arba popiet po 3 valandas, o trečiadieniais ir šeštadieniais po – 1,5  valandos. Mokomoji kalba – vokiečių.  1881 m. buvo atidaryta dar antra šios mokyklos klasė. Kiek vėliau buvo pastatytas atskiras namas, esantis dabartinėje Alkos gatvėje.

Juknaičių kaimas buvo didelis, 1905 m. jame gyveno 422 žmonės – 149 lietuvininkai ir 273 vokiečiai, tad čia veikusi mokykla buvo gausiai vaikų lankoma. 1928 m. joje mokėsi 78 vaikai bei paaugliai, iš jų lietuvininkais save belaikė tik 18, kalba buvo vokiečių. Tarpukario laikotarpiu mokytojavo Ernestas Liaupas, sutuoktiniai Jurkšaičiai, Leo Delnas, Heinrichas Jupinas. Kadangi pedagogai lietuviškai nemokėjo, prireikė privačios mokyklos, kuri greitai įgijo autoritetą. 1938 m. joje mokėsi net 59 mokiniai, iš kurių 50 buvo gimę Klaipėdos krašte, 8 – Didžiojoje Lietuvoje, 1 atvykęs iš kitos šalies. Absoliuti besimokančiųjų dauguma – 42 mokėjo abi šio krašto kalbas. Visą laiką juos prusino pedagogai Bružas ir Sirkinas.

1939 m. kraštas okupuojamas vokiečių, tad ir mokykla tampa vokiška. Kas nemokėjo vokiečių kalbos, tas turėjo vėl mokytis nuo pirmos klasės.

1950–1957 m . m. mokyklai vadovavo K. Strazdas, 1957–1958 m. m. – V. Červinskas.

1958–1980 m. m. mokyklai vadovavo Stasys Freitakas. 1976 m. jam vadovaujant padėtas kertinis mokyklos akmuo ir 1979 m. išaugo gražus mokyklos pastatas. Mokyklos aplinką projektavo Respublikos žemėtvarkos projektavimo instituto specialistai R. ir A. Kiškiai.

Tuometinis ūkio direktorius Z. Dokšas buvo įsitikinęs, kad aplinka, meno kūriniai, supantys vaiką, daro didžiulę įtaką jo dvasiai. Z. Dokšo dėka Juknaičiai turtėjo ir naujais kūriniais. Pirmasis meno kūrinys „Senelės pasaka“ atsirado mokykloje. Tai J. Buroko paveikslų ciklas pagal to paties pavadinimo S. Nėries kūrinį. Iki šiol mokyklos (2002 m. atrestauruota) vestibiulyje kabo  10 jo paveikslų. Po to mokykloje atsirado vienas brangiausių kūrinių – Banytės freska „Mokslo kelias“. Dar vėliau – skulptūra „Jaunystė“, autorius skulptorius Stasys Kuzma.

1983–1989 m. m. mokyklai vadovavo A. Šimelionis. Dažni svečiai mokykloje vertė pasitempti. Svečius Juknaičiuose stebino daug kas, o ypač toks mums įprastas „praktiškumas“, kad tas pats juodžemis, iškastas statybų metu, neišmetamas, o vežamas į gyvenvietės gėlynus ir alpinariumus, kuriuos tik čia buvo galima pamatyti.

Mokyklos vadovai nuolat buvo kviečiami į ūkio specialistų pasitarimus prie apskritojo stalo, domimasi mokyklos reikalais. Dabar tas apskritasis stalas stovi mokykloje, mokytojų kambaryje, kur vyksta pasitarimai ir posėdžiai.

Apie tai, kad tuo metu menui puoselėti buvo skiriama daug dėmesio, liudija faktas, kad vienu metu mokykloje dirbo net 3 dailės mokytojai: A. Šnaras, G. Augaitis, E. Naujokas.

Mokyklos, kaip ir ūkiai, dalyvaudavo socialistiniame lenktyniavime. Stengdavosi ir ūkio darbuotojai, ir mokykla. Mokyklai svarbūs kriterijai buvo žemdirbio profesiją pasirinkusių mokinių skaičius ir kiek jų buvo nukreipta mokytis į karo mokyklas, kaip sutvarkyta mokyklos ir karinio parengimo bazė. Ir, kai vadovaujant jaunam mokyklos direktoriui mokykla tapo nugalėtoja, daugeliui atrodė nelabai įtikinamai. Juknaitiškiai visada stengėsi pirmauti.

Buvo pasirūpinta ir mokytojų buitimi. Žemės ūkio ministerija finansavo aštuonių butų mokytojų namo statybą.

1981–1983 m. m. mokyklos vadovas buvo E. Čiuželis. Tais metais jau vidurinę mokyklą baigė pirmoji abiturientų laida – 27 mokiniai. Iš viso nuo 1979 metų Juknaičių vidurinę mokyklą baigė 20 abiturientų laidų.

1989–2000 m. m. vadovavo R. Pilipavičienė. Tai buvo pirmasis Lietuvos Nepriklausomybės dešimtmetis, buvo kuriami valstybingumo pamatai, kuriami Lietuvos mokyklos pagrindai, pradėtas ugdymo turinio programų ir vadovėlių rengimas. Mokyklai tai buvo ieškojimų metas, atestuojami mokytojai ir vadovai, keičiama mokyklos struktūra (prijungti  prie Juknaičių vidurinės mokyklos lopšelis- darželis „Giliukas“, Paleičių, Kanteriškių, Lęitgirių  pradinės mokyklos). 1996 m. atidarytas Kauno tekstilininkų ir paslaugų verslo mokyklos Juknaičių skyrius, kuriame mokiniai, baigę 10 klasių,  galėjo įsigyti ir profesinį išsilavinimą.

Mokyklos mokinių skaičius kito nežymiai, visą dešimtį metų peršoko 400 ugdomų vaikų ir mokinių skaičių.

2000 m. pradėjo mažėti mokinių skaičius visoje Lietuvoje ir Juknaičiuose.

2001 m. prasidėjus mokyklų tinklo pertvarkai, mokykla reorganizuota į pagrindinę mokyklą. Prie mokyklos prijungtos 3 ikimokyklinės grupės.

Nuo 2001 m. mokyklai vadovauja V. Šimelionienė. Tuo laikotarpiu savita mokyklos veiklos planavimo sistema padėjo sukonkretinti veiklą, užsibrėžti tikslus ir aiškią kryptį. Visos veiklos sritys orientuojamos į prioritetinę metų temą. Mokykloje  susiformavo atributika: emblema, vėliava, himnas, mikrorajonas. Įsteigtas muziejus. Susiformavo mokinių savivaldos, tėvų švietimo, bendradarbiavimo, besimokančios mokyklos, pagalbos mokiniui veiklos modeliai, partnerystės tinklas, mokinių skatinimo sistema.

Nauji socialinio pedagogo, logopedo, specialiojo, psichologo ir mokinio padėjėjų  etatai padeda užtikrinti kokybiškesnę pagalbą mokiniui.

Mokyklos IKT bazę sudaro 60 stacionarių kompiuterių,  3 išmaniųjų ekranų, 13 projektorių ir 2-jų SWIVL robotukų, įsteigtas inžinieriaus etatas. IKT sėkmingai diegiamas ugdymo procese, naudojamas elektroninis dienynas ir  elektroninė pažymių knygelė.

Pagerėjo mokyklos edukacinės aplinkos, įvykdyta išorės renovacija, atnaujintas mokyklos apšvietimas, pakeista grindų danga. Įsigyta modernių  baldų.

Mokykla 2003 m. gavo geltonąjį autobusiuką, nes palaipsniui uždaryti Kanteriškių, Paleičių, Leitgirių ir Gaidelių skyriai, iš kurių mokiniai vežami į nuolat remontuojamą ir modernėjančią mokyklą. 2018 m. mokykla gavo dar vieną mokyklinį autobusiuką.

2016 m. rugpjūčio 31 d. Šilutės rajono savivaldybės tarybos 2016 m. gegužės 5 d.  sprendimu Nr. T1-328 prie Juknaičių pagrindinės mokyklos prijungtas Pašyšių skyrius, teikiantis pradinį ir ikimokyklinį ugdymą. 2020 m. Pašyšių skyrius likviduotas.

Nuo 2007 m.  iki 2020 m. mokykla kryptingai įgyvendino etnokultūros programą.

Nuo 2024 m. – sveikatą stiprinant mokykla. Daug dėmesio skiriama mokinių sveikai gyvensenai ir sportui. Labai svarūs  mokyklos mokinių laimėjimai  sporto srityje:

2025 m. mokykla įgijo tvarios mokyklos statusą ir įvertinta 2-jomis  tvarkios mokyklos bruknėmis kultūros ir paveldo išsaugojimo srityje.

Nuo 2025 m. įgyvendinamas Visos dienos mokyklos modelis.

Puslapis paskutinį kartą atnaujintas: 2025-09-15